1949年，中华人民共和国成立，结束了半殖民地半封建社会的历史，从而为中国天主教和基督教（新教）实现独立自主自办提供了历史条件。1950年7月，吴耀宗等40位各教派负责人，发表《中国基督教在新中国建设中努力的途径》的“三自宣言”，表明了中国基督徒拥护新中国，摆脱帝国主义势力控制，实现中国教会自治、自养、自传。1950年9月，1527位基督教负责人签名拥护“三自宣言”。尔后的三四年间，在这个文件上签名的基督徒达40多万人，占当时全国基督徒的三分之二。自此，中国基督教走上了“三自”道路。

　　1950年11月，四川广元县500多名天主教徒发表了“天主教自立革新运动宣言”，主张割断与帝国主义者各方面的关系，建立自治、自传、自养的新教会。这一宣言得到全国天主教神长教友的响应。尽管梵蒂冈一再采取敌视新中国的政治行动，中国天主教仍在1957年、1958年先后将选出的一名代理主教和两名主教报梵蒂冈。然而，梵蒂冈竟以“超级绝罚”相威胁，极大地伤害了中国天主教徒的感情，中国天主教从此坚定地走上了自选自圣主教、独立自主自办教会的道路。在信仰上，中国天主教与世界各地的天主教是一致的；在教会管理上，一切内部事务均由中国天主教教会自主决定。

　　1954年7月，中国基督教第一届全国会议召开，正式成立了中国基督教三自爱国运动委员会。提出在中国共产党和人民政府的领导下，团结全国基督徒，热爱祖国，遵守国家法令，坚持自治、自养、自传，独立自主自办教会的方针。

　　1958年各种不同信仰礼仪背景的教会实行了“联合礼拜”。从此中国教会进入“后宗派时期”，基督教的宗派组织在我国不复存在。

　　“文革”时期，中国基督教一度中止活动。1980 年，中国基督教三自爱国运动委员会恢复活动，召开了第三次全国会议并成立了中国基督教协会，在新的历史条件下继续推进三自爱国运动，开始了按三自原则办好教会的新探索。1996年基督教第六次全国会议，将这一时期的探索总结为坚持“按三自原则办好教会”，必须坚持独立自主、必须坚持爱国爱教、必须努力增进团结、必须大力落实三好（自治要自好、自养要养好、自传要传好），向全国基督徒发出了“一个好基督徒应该做一个好公民”的号召。

　　随着中国基督教三自爱国运动的发展，过去外国传教士传下来的一些神学思想，与社会的发展、时代的进步不相适应，产生矛盾和冲突。在丁光训主教的大力倡导下，中国基督教界积极探索开展神学思想建设。1998年11月，基督教全国“两会”（中国基督教三自爱国运动委员会、中国基督教协会）在济南召开全体委员会，作出了开展神学思想建设的决议。神学思想建设的主要内容是：如何结合中国国情和文化，阐述基督教的基本信仰及道德规范，使中国基督教与社会主义社会相适应。

　　2000年9月23日，在北京人民大会堂举行了隆重庆祝三自爱国运动50周年大会，对50年来的三自爱国运动进行了总结，宣布继续坚持爱国爱教方向，要把三自爱国运动推进到神学思想建设的新阶段，在带领广大信徒走与社会主义社会相适应的道路上取得明显的进步，为祖国的现代化建设事业做出新的贡献。