1949年4月23日，南京解放。25日至28日，邓小平、陈毅、刘伯承等陆续到达南京。26日，宋任穷率金陵支队部分同志进入南京，协助刘伯承开始了对南京的接管与改造工作。同年10月，宋任穷离开南京，随中国人民解放军第二野战军进军西南。在南京短暂的工作期间，宋任穷在党中央、华东局和刘伯承的领导下，坚决贯彻执行中央的路线、方针和政策，密切联系实际，创造性地开展工作，顺利地完成了接管工作，稳定了社会秩序，为恢复国民经济和各项社会事业奠定了基础。

　　 组建金陵支队，准备接管南京

　　为适应迅速发展的战争形势需要， 1948年6月，中央任命宋任穷为豫皖苏中央分局书记兼豫皖苏军区政委，后又决定宋任穷兼任华东野战军第三副政委。1949年2月，淮海战役总前委、华东局和中原局经请示中央同意，决定立即成立安徽省委及省政府、省军区，统一领导安徽省的工作，任命宋任穷为省委书记兼省人民政府主席、省军区政委。省委的中心任务是集中全力开展支前工作。在七届二中全会上，中共中央又确定刘伯承为即将解放的南京市市长兼市委书记，宋任穷为南京市委副书记。为了做好接管南京的工作，1949年4月初，金陵支队组建起来，集中驻扎在合肥，由宋任穷负责，进行短期集训。

　　宋任穷虽然兼任安徽省委书记，但他的主要精力放在金陵支队队伍建设和思想建设上。在他的领导下，金陵支队紧张地做着进入南京前的准备工作：

　　一是组建队伍、按需编组，做好接管南京的组织准备。4月10日前完成了编队工作。金陵支队是我党准备接收南京的一支干部队伍，除支队部外，按接管南京的需要和各人专长分为财经、交通邮电、市政公安等7个接管大队，共1998人。

　　二是学习政策、整顿作风，做好接管南京的思想准备。组织干部认真学习中共中央七届二中全会决议和毛泽东在七届二中全会上的讲话，使大家树立正气，明确南下是做工作，为人民服务，要继续艰苦奋斗，要增强组织观念，服从需要，服从分配。整顿了思想作风，强调要防止骄傲情绪、以功臣自居的情绪以及贪图享乐不愿再过艰苦生活的情绪，特别是要警惕敌人糖衣炮弹的袭击；结合学习北平、沈阳接管的经验，就“如何接管城市”、“靠谁”、“反动派、反动政治组织、反动团体处理问题”、“接收官僚资本企业与其它公共企业”等问题进行针对性学习。在金陵支队从合肥开赴南京的途中，宋任穷又召开干部会，讲述进城注意事项。一是传达邓小平政委的指示，要大家学习毛泽东思想这一经过历史检验的真理。二是进城要防止糖衣炮弹的袭击，谁犯了错误就要到雨花台烈士牺牲地去检讨。金陵支队学习时间很短，但队员们感到收获很大，印象深刻。三是调查研究、整理资料，做好接管南京的具体准备。为了使解放区干部了解南京的情况，能够尽快进入接管工作状态，宋任穷指示由金陵支队办公室主任彭涛亲自负责组织一些从南京来的地下党员编写一套介绍南京概况的资料。4月20日，《南京概况》上、下册，共30余万字铅印出版，为接管创造了很好的条件。此外，为了做好接管工作，金陵支队研究制定了市军管会接管组织系统表，印制了“入城守则”，翻印了南京地图，印制了南京军事管制委员会的符号，以及接管物资登记表各万余份。虽然当时宋任穷工作很忙，但他对编写这些材料非常关心，对政策性的文件均在付印前亲自校阅，并教育干部认真校对，不得疏忽大意，经常鼓励整理资料的同志：“别看你们年纪轻，可你们干的是大事业啊！解放南京也有你们一份功劳啊！”宋任穷还专门为参加接管的干部作了接管工作及会师的动员报告，强调了入城纪律。要求每个人制定个人《入城守则》，以便入城后能起更大作用。所有这些，使南京的接管在政治上、思想上有了明确的方向，为南京的接管进行了必要的组织和思想准备。

　　中国人民解放军百万雄师分三路强渡长江，于4月23日解放南京。4月20日，金陵支队出发，随军前进。4月26日夜，宋任穷率200余金陵支队干部进入南京。
　　  顺利进行接管，稳定社会秩序

　　金陵支队到南京的第一件事就是在全城张贴《中国人民解放军布告》、《中国人民解放军入城守则》，以安定民心。4月28日，南京市军事管制委员会宣告成立，并发表军管字第一号布告，任命刘伯承为该会主任，宋任穷为该会副主任。

　　5月1日，华东局直接领导召开了解放区和地下党干部约3000人的会师大会，这是南京解放后的第一次重要会议。会议由宋任穷主持，宣布中共中央批准中共南京市委成立。刘伯承、宋任穷、张际春、陈修良、陈士榘五同志为常委，刘伯承为书记、宋任穷为副书记、陈修良为组织部长。在新市委的领导下，全体干部决心团结一致，同心同德，共同搞好接管和管理，建设人民的城市。

　　对南京的全面接管是从1949年5月1日开始的。接管工作的主要做法是：第一，明确原则。市军管会按照中央和华东局关于“各按系统，原封不动，自上而下，先接后分”的指示，从实际出发，确定了接管的具体要求，即按原系统自上而下的行政方式与自下而上的发动群众相结合；依靠工人、团结职员，特别是其中进步的积极分子，进行点收清查工作；分别轻重缓急，合理安排干部力量，稳重地、有步骤地、有重点地进行接管；把接与管有计划地结合起来，根据行业特点，有的先接后管，有的接管并进，保证迅速恢复生产和重要业务工作。第二，落实组织。市管委会设立了军事、财经、交通、政务、文化教育、房地产6个接管委员会，负责各相关系统的接管，军管会的外侨事务处、公安部和警备司令部等单位，专门负责接收国民党政府外交部、警察系统、反动党务机关、特务机关、宪兵系统、警卫机构及要塞。各接管委员会又根据需要设立若干部，如军事接管委员会下设陆军部、海军部、空军部、特种兵部、后勤部、训练部等，负责各军兵种系统的机关、学校、医院、工厂的接收工作。第三，确定步骤。一般是军管会按照原有系统派出军代表，宣布接管命令，收缴武器，封存档案材料，由原机关主管人员造具人员、财产清册，报告机关概况。同时，接管干部分头了解情况，收集资料，召开职工会议，宣传政策，安定情绪。在发动群众，充分酝酿的基础上，依靠工人和职员进行清点移交，发现问题，组织重点复查。然后处理原有工作人员，恢复业务和生产，转入管的阶段。第四，及时指导。市军管会5月3日发布《关于军代表的任务与职权的通知》，明确军代表的工作职责。5月7日发出《关于今后接管工作的意见》，对接管方式、党的统一领导、加强学习、改进作风等问题作出了具体规定。还先后通报了中央和华东局关于接管的指示、先解放城市接管经验以及本市一些单位接管工作的情况小结。在接管工作中，广大接管干部发扬了艰苦奋斗精神，严格组织纪律，正确执行政策，清点物资时涓滴归公，也是接管工作顺利进行的重要保证。

　　在军管会的统一领导下，经各方共同努力，接管工作进展比较顺利，只用了一个月的时间就完成了对原属国民政府一府五院和南京市政府系统的1000多个单位的接管，奠定了建设新南京的基础。

　　在南京接管工作中，宋任穷发扬党的优良传统，处处以身作则，模范地执行党的方针政策，全心全意依靠人民群众。据当时在金陵支队办公室、后来在市委政策研究室工作的陈淦回忆：“宋任穷同志每天上下班，从来都是步行，除参加会议外，未见他要过小车。他与我们这些小青年在生活上打成一片，当他发现我们对调研工作不太重视时，便向我们讲解调研工作的重要性，要我们安心工作，要我们‘无私才能无畏。’市委准备成立政策研究室时，我想去当个‘鸡头’，不愿当‘牛尾’，他又耐心做我的思想工作，直到我表示愿意在政策研究室工作为止。” 为了多方接触了解情况，宋任穷经常深入到工人、青年学生、知识分子等群众中去，同他们恳切谈心，讲解党的路线、方针和政策，讲解各阶层在新中国的地位与历史使命等问题。进城刚刚几天，宋任穷就会见了全南京公务员工联谊总会主席董谋先等同志，听取了南京公务员工运动的情况及员工们的思想、生活状况的汇报，并决定给公务员工每人发放一笔数目不小的生活费。对当时处于困境的公务员工来说，真是雪中送炭。既解决了他们的后顾之忧，又充分体现了中国共产党的政策关怀。

　　宋任穷和南京市委非常重视宣传文教战线的工作。市委把肃清帝国主义、封建主义、官僚资本主义的文化宣传余毒，建设民族的、科学的、大众的文化作为新南京建设的一项重要保证。针对南京报纸媒体种类多、良莠不齐的客观现实，南京解放后，军管会立即发出登记、审查通告，经过整顿，取缔了一批反动的报纸。4月30日，作为中共南京市委机关报的《新华日报》正式创刊，以新华社社论《庆祝南京解放》为发刊词开始出版。刘伯承和南京市委对报纸特别重视，指定宋任穷负责审阅《新华日报》的大样。每天清晨四点左右大样送到。对新华社发的消息他一般只看标题是否得当，对南京自己撰写的重要消息和文章他都要逐条过目、重点审阅，经他审定后才能付印。为此，宋任穷每天都要花上个把小时时间，后来视力不好，恐怕与这一时期辛勤劳作有关。

　　南京解放前是国民政府首都，有各类大中学校和科学研究机构近百所，是知识分子较为集中的城市之一。知识分子和青年学生成为党工作的主要对象。5月15日，南京市军管会、市委、市政府召开学生界座谈会，5月16日，召开文化科学界座谈会。宋任穷等领导同志都亲自到会，诚恳谈心，交换意见。宋任穷在学生代表座谈会上赞扬了南京市学生在五二○、四?一等学生运动中的英勇事迹，以深入浅出的话语，向学生们讲形势、讲任务、宣传共产党的方针、政策，激励学生们努力学习，“向工农学习，到工农中去改造自己，为工农服务”，结合“工农的力量来建设新南京”。宋任穷尽管工作繁忙，还抽出时间进行认真地备课，经常给知识界及学校师生“上大课”作报告，讲解马列主义基本原理，讲政治经济学，讲党的方针政策，效果都很好。有一次，宋任穷应邀去中央大学作报告，市公安局接到情报，国民党特务要在作报告时搞暗杀，市公安局负责同志建议取消这次报告。宋任穷当即召集有关同志进行分析研究，认为国民党特务是准备长期潜伏的，不敢轻易在公开场合下手，我们不要轻易放弃做青年学生工作的好机会。最后，宋任穷决定还是去，冒着大雨来到中央大学大礼堂。当时听报告的学生人头攒动、座无虚席。宋任穷主要就学习问题讲了两个多小时，效果很好。还有一次，宋任穷同志参加一个座谈会，有位学者提出这样一个问题：共产党坚持二十多年的人民战争，建立了人民的新中国，纪律和作风都很好，我们很佩服。但会不会像泡茶一样，第一、第二杯很有味道，后来逐渐变了，喝起来就没有什么味道了呢？对共产党能否长期保持优良作风，是否具有领导经济建设的能力存有疑虑。宋任穷回答说：“这位先生的担心不是没有道理，但是我们共产党将不断加强党的建设，坚持对党员进行教育，必要时还要进行整风，如延安整风，批评和纠正不良作风，清除不良分子，并且按照党员条件吸收新鲜血液入党，我们党将永远保持无产阶级先锋队的作用。因此，绝不会像喝茶那样，越喝越没有味道。这点请大家放心。”4月底，宋任穷还专门登门拜访了中央大学熊子容教授，转交了毛泽东给熊先生的复电。虽然是秘密探访，但第二天南京市的许多报纸都发表了这个消息，一下子就拉近了党和新生的人民政府同南京人民的距离，融洽了同知识分子的感情，一时传为佳话。
　　  筹组西南服务团，准备进军大西南

　　渡江战役以后，面临着全国即将解放的大好形势，为了开拓新区的工作，根据党中央的指示，1949年6月下旬，二野前委决定成立“中国人民解放军西南服务团”，服务团直属二野政治部领导，确定由二野副政委、南京市军事管制委员会副主任宋任穷负责并任西南服务团团长。6月25日，南京市军事管制委员会发出通告，公开招收西南服务团学员。30日，在原国民大会堂召开了动员大会，西南服务团总负责人宋任穷作了动员报告，从分析形势入手，论述进军西南的伟大意义，阐明了西南服务团的性质、宗旨和任务，指出了革命青年应担负的时代使命，从而把动员参加西南服务团的活动推向了高潮。7月，宋任穷部分移交了南京的工作，主要从事进军西南的准备。

　　1949年八九月间，各地调集的约一万七千余人，从四面八方汇集在西南服务团的旗帜下。根据中共中央进军前“争取有二至三个月的训练时期”的指示精神，全团人员云集南京，进行了近三个月的集中训练。在二野政治部和以宋任穷为团长的西南服务团总团统筹安排下，对参加西南服务团的同志们做了充分的思想动员工作，系统地进行了革命理论、形势与任务和各项方针政策的教育，为胜利进军西南奠定了思想基础。

　　宋任穷等负责同志虽然夜以继日地忙于接管南京，日理万机地部署进军西南，但仍然冒着酷暑，亲自给西南服务团的全体人员上课。8月25日和9月2日，宋任穷在南京人民大会堂（原国民大会堂）作了“中国革命和中国共产党”的报告。9月3日，宋任穷作了“新区基本政策”报告。

　　9月，刘伯承、邓小平召开二野前委会，明确了西南服务团各支队的去向问题，会上确定宋任穷去云南，不再负责西南服务团总团的工作。1949年10月，宋任穷率西南服务团云南支队和警卫部队共1000余人，从南京出发进军大西南。