2受历史条件和具体环境的制约，每次机构改革都有所保留，实行过渡性方案；机构改革每一次都具有过渡性质，难以到位。因此加大了后来机构改革的成本和难度。

　　从1988年到1998年，每次机构改革都强调改革方案的过渡性质。如1988年3月李鹏在《政府工作报告》中指出：“现在的机构改革方案，全面衡量了改革的需要和现实的可能，既迈出了具有决定意义的一步，又考虑到了社会的承受能力；既对传统管理模式有所突破，又带有一定的过渡性。”①《人民日报》1988年4月15日，第1版。国务委员宋平在谈到对这次机构改革的估量时也强调，建立一整套现代行政管理体系，需要具备许多条件。从以直接管理企业为主转到间接管理为主，要有一个过程；政治体制和经济体制改革正在深入开展，在新旧体制交替过程中，机构职能的转变、工作方式的改变以及新的工作秩序的形成，不可能一下子完成，机构改革也不可能“毕其功于一役”，只能随着经济、政治体制改革的深化和完善而逐步展开，分步进行。因此，这次机构改革带有一定的过渡性。

　　1988年4月5日，宋平在人大会上就代表讨论国务院机构改革方案的情况作了说明，他说：“有些代表认为这次机构改革步子不够大，也有的认为设立若干部属公司是多了一层。这次机构改革的关键是转变职能，重点是经济管理部门，逐步解决政企分开，减少直接控制，加强宏观调控职能。总的说，现在的改革方案，带有过渡性质，由于经验不足，还要在实践中总结经验，使之不断完善。”

　　1993年的国务院机构改革同样强调了改革的过渡性质。国务委员罗干指出：现在社会主义市场经济体制的改革还在进行过程中，行政管理体制改革也正在进行之中，相应地机构改革也需要有个过程，行政机构的设置难以一下子定型。今后随着社会主义现代化建设的进展和社会主义市场经济体制的逐步建立，还要继续深入进行行政管理体制和机构改革。罗干说，按照改革方案，国务院原有18个专业经济部门，撤销7个，新组建6个，减少不多，主要是考虑到目前社会主义市场经济体制还在建立过程中，专业经济部门的改革还需要有个过程。这样做，有利于经济发展，也有利于机构改革的平稳过渡。不论保留或新设置的部门在这次机构改革中都要按照发展社会主义市场的要求，大力转变职能，简政放权，推动企业进入市场。

　　1998年的国务院机构改革仍然强调了改革的过渡性质。国务委员罗干指出，现在提出的国务院机构改革方案，既考虑了改革和发展的需要，又考虑了社会的承受能力，因此还只是一个过渡性质的方案。由于我国社会主义市场经济体制正在建立过程中，按完善的市场经济的要求改革政府机构，实现一步到位是难以做到的。同时，机构改革又要迈出积极的步子，着力解决当前突出的矛盾，为进一步深化改革和经济发展创造良好的条件。他说，机构改革是一项艰巨的任务，我们将精心部署，细致工作，确保方案的实施。第一，坚持既要积极又稳妥的方针。在组织实施中，我们将注意把机构改革同推进社会经济发展、保持社会政治稳定统筹安排，避免出现大的震荡。国务院机构改革后，地方各级政府也将进行机构改革。各地将按照国务院的统一部署，精心组织，积极推进。要切实加强组织领导，做耐心细致的工作，做到思想不散，秩序不乱，人员妥善安排，国有财产不流失，工作正常运转。

　　从机构改革的实践看，每次机构改革受客观环境和现实条件的制约，都带有一定的过渡性质。如1988年的国务院机构改革，设立了许多部属公司；这些公司的设立是与政府转变职能、政企分开的原则相矛盾的，在实际工作中的效果并不好。但是，当时只能改成这个样子。1993年的国务院机构改革，对于18个专业经济部门，撤销7个，新组建5个；保留或新组建了较多的工业部门，如冶金工业部、化学工业部、铁道部、交通部、电力工业部、煤炭工业部、机械工业部、电子工业部等。这些部委的设置，也是当时具体条件和环境制约的结果。1998年的国务院机构改革，有些部委的设立，仍然与政企分开、政社分开的目标有距离。有些部委精简改革成特大企业，方向虽对，但又形成垄断性公司，与建立社会主义市场经济体制有抵触。这说明，机构改革总是具有过渡性，当时的学者就曾提出“98机构改革，只是万里长征第一步”。是符合机构改革实际的。

　　机构改革留有余地的做法为下一次的改革增大了难度，也增加了机构改革的成本。如1988年机构改革后的反弹，就是这种过渡性的改革造成的后果——从1988年机构改革后，到1993年机构改革前，国务院的常设机构由1988年的66个增到86个，非常设机构由1988年机构改革后的49个增加到85个；平均每年增加14个机构!原因就是机构改革的过渡性做法，为机构膨胀预留了余地。这说明，过分强调当时环境和客观条件的制约，强调机构改革的过渡性质，是影响机构改革进程的不可忽视的因素。