村民自治是农村现行管理体制，而基层党支部的设立可以追溯到人民公社时期。在公社成立之前，老解放区虽有少量党的组织，广大农村地区并没有党的基层组织存在。公社的建立使党的组织深入到农村每一个社队。然而，其时由于党组织统领农村政治经济社会等一切工作，公社事无巨细皆决策于党组织，其他组织充当助手，因此不存在矛盾。
实行村民自治以后，农村管理体制发生了由行政统制向社区自治的转变，全国农村普遍推行由村民参与管理的民主选举、民主决策、民主管理和民主监督的民主自治。为此，《村民委员会组织法》(简称《村委会法》)对党支部的职权作了一定的调整，明确：“村民委员会主任、副主任和委员，由村民直接选举产生”；“村委会办理本村的公共事务和公益事业，支持和组织村民发展经济，管理本村的土地财产和其他资源，宣传和教育村民履行法定义务，调解民间纠纷、维持社会治安，向政府反映村民意见要求和提出建议”；村党支部“按照中国共产党党章开展工作，发挥领导核心作用；依照宪法和法律，支持和保障村民开展自治活动、直接行使民主权利。”①法律将党支部的人事权和村庄管理权部分转移给了村民群众和村委会组织。据此，党支部虽然仍处于领导地位，但其领导内涵、权限和事项都发生了深刻的变化。当村委会作为村民自治的执行机构开展工作之际，与党支部传统权限和管理习惯的矛盾和冲突不可避免的出现，并且随着村民自治的推进问题愈益凸现。
一、两委职权矛盾的表现
两委职权矛盾围绕着职权来源、职权认识、职权规范以及兼职变化等不同层面的问题展开。
职权来源不同引发行为差异。党支部与村委会虽然都是村级组织，但是由于二者职权来源不同，形成了大相径庭的职权行为。村委会干部的职权来自广大村民群众的直接选举，因而形成较多关注村民利益的行为；当上级利益与村民利益发生矛盾时，村委干部往往愿意以村民代表的角色向乡镇干部游说，维护村民的合理要求。支部干部的职权来自上级党委的任命，从自身前途出发，支部干部往往关注上级的需要，尤其当上级利益与村民利益发生矛盾时，支部干部常常自觉以上级代言人的身份做村民工作，不愿为村民利益“得罪”上级领导，而对村民的困难和需要往往缺乏重视。
职权认识偏差导致争执扩大。由于职权来源的区别，两委干部在职权认识上容易形成相互矛盾的两种观点。一部分村委干部尤其是村主任，往往片面理解自治排斥支部领导，认为自己是“民选”干部有群众基础，而村民自治是群众自我管理，支部领导可有可无。一些支部干部尤其是支部书记，则将实现党在农村的领导片面理解为支部包揽一切，强调支部独大，干涉村委会和村民自治事务。两委干部在“领导”和“自治”职权认识上的偏差导致争执不断扩大。
职权规范不明造成“印章之争”。国家法律和规范性文件是两委职权认定的依据，然而由于制度规范不明，致使两委矛盾深化。《村委会法》规定村委会权限范围是执行村民大会决议、管理村庄公共事务；而在村党支部权限上，法律只是原则要求其“支持”村民开展自治活动、“保障”村民民主权利，并没有从权限范围上给予明确界定。而1999年印发的《中国共产党农村基层组织工作条例》(简称《条例》)在规范农村党组织职责时，强调由村党支部“讨论决定本村经济建设和社会发展中的重要问题”，“需要由村民委员会、村民会议或集体经济组织决定的事情，由村民委员会、村民会议或集体经济组织依照法律和有关规定作出决定。”《中国共产党农村基层组织工作条例》，第9条第2款。《条例》这一规定将村党组织权限由“支持”和“保障”扩展到决定何为自治范围事务，何为领导权限事务。换言之，支部认为不需要交由自治组织讨论的事项可以自行决定和处理。这实质上是扩大了支部权限范围。由于《村委会法》缺乏明晰的支部权限规定，而《条例》又未确定何为需要村民自治组织决定的事项，何为需要村党支部决定的事项，这使党支部和村委会职权关系徒增许多矛盾。
由于制度对两委职权规范不明，导致乡镇领导对两委形成不同的态度。有的乡镇领导公开支持村支书行使村委会职权，指使村支书包揽村务财务，暗示村民有事找村支书而不是村主任，造成架空村委的事实。当村委干部无法开展工作而上访乡镇时，非但得不到支持反而被勒令停止职务。山东省栖霞市为此曾引发了4个镇的57名“村官”集体签名要求辞职的事件。由于当地乡镇党委支持包办代理村委会职权的村支部，致使当选村干部在一年多时间里无法履行职责，村里的印章和帐务等始终被支书“保管”，财务支出也由支书说了算，当村干部向镇党委反映问题时，非但得不到解决反而被“诫免”甚至停职，无法正常工作的“村官”只得以辞职回答。崔士鑫：《“村官”为何要辞职——山东57名村委会成员辞职事件透视》，《南方农村报》2001年3月31日第4版。乡镇领导的态度加剧了矛盾的复杂性。
由于制度对两委职权规范不明，致使党支部与村委会频繁发生“印章之争”。有的村换届选举后村主任需用印章，支书将其锁在办公桌里不让使用；还有的支书把印章交给“自己人”保管，村主任想方设法收回，支书却在报纸上刊登遗失声明宣布印章作废；而有的村主任，生怕印章“丢失”不离身地揣在衣袋里。徐付群：《村委会印章管理有了章法》，《乡镇论坛》2001年第8期（上半月）第1页：专访全国人大国家法行政法室负责人陈斯喜：《关于村民自治的对话》，《半月谈》1999年第20期。凡此种种，印章作为权力的象征成为村支书和村主任激烈争夺的对象。
支书兼职落选职权矛盾激化。在两委矛盾中最严重的是兼村主任职务的支部书记在村委会换届选举中落选、之后还继任支书，与新上任村主任发生的冲突。村支书在职权“缩水”的情况下如果没有正确的态度和宽广的襟怀，很难处理与新主任的关系，诸如不交印章、不交财务帐目、不交村务档案、不交办公室钥匙等时有发生；有的支书甚至对村主任进行刁难和打击报复；个别村支书不仅不交接，而且还照常以村委会名义行使职权，形成新旧两个村委“并存”的局面。诸如此类，支书落选村主任而引发妨碍村委会行使职权的矛盾和冲突，仍是目前两委关系紧张的焦点。
两委职权矛盾和冲突的复杂性和普遍性，导致农村民主政治建设和支部民主化建设处于举步为艰的胶着状态，直接影响了农村物质文明、精神文明和政治文明的发展，制约了农村政治体制改革向纵深推进。
二、两委职权矛盾解决的途径
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