这个阶段的基本特点是两岸经贸交流不断扩大和深化，但因受台当局政治需要的束缚、干扰而起伏。1990年代以来，台湾由于下游企业多数转移内地，长期来岛内形成的大企业主要从事原料、中间产品的内销，中小企业主要从事加工外销的格局被打破，完整的体系失去平衡；在自由化、国际化政策引导下，台湾的大型企业及企业集团在母体企业经营良好的前提下，开始积极争取向海外扩大企业版图。他们与中小企业追求廉价的土地和劳动力不同，更看重技术资源和市场潜力。而祖国内地1990年代起，是世界上经济发展最快、市场潜力最大的地区；投资环境不断改善，不但交通运输及通讯等基础设施大大加强，而且吸引外商投资的政策法规也逐步成套和规范，对于台商投资内地，还专门制订了鼓励台胞的一系列规定；特别是1992年小平同志视察南方讲话后，改革开放又大大推进了一步，市场环境逐步与国际接轨，为外商投资创造了较好的条件。西方发达国家的跨国公司纷纷抢滩进入内地市场，香港则已经投巨资从事基础工业和基础设施的建设。在此情况下，台湾大企业纷纷急起直追，加速投资内地。

　  面对台商投资内地不可阻挡的趋势，考虑国际经济区域性分工与合作结构重组的进程不断加快和亚太地区特别是东亚地区将成为经济发展最有活力和前途地区的新情况，台湾当局在坚持两岸关系服从“国家统一纲领”、继续限制经贸交流的同时，不得不采取一些灵活对策。一是加速经济自由化，寻求台在亚太经济中的新定位，即前面已经叙述的将台湾建成为亚太经济营运中心。二是顺应两岸经济趋势，逐步发展以祖国内地为腹地的经济格局。具体说，台湾希望两岸间推进以垂直分工为主导的“跨地分工”体系，一方面放宽台商投资内地的规模和领域，另一方面使台湾在两岸经贸中始终保持技术优势。三是展开全方位对外经贸政策，在发展两岸经贸的同时，推进“南向政策”和“北上政策”，以分散投资，避免过分集中投向内地。

　  所谓“南向政策”，就是利用多种力量，鼓励并推动厂商将投资和贸易的重点从内地转向东南亚地区。但自1993年推出以来，尽管当局成立了多个推动南向政策的专门机构，先后与新加坡、印尼、菲律宾、越南签订双边投资保障协定，多次派团考察，选择厂商有利投资地点，并利用“海外合作发展基金”协助厂商，厂商却仍然看好内地。至于鼓励厂商“北上”日本、韩国、俄罗斯等，实际上更困难，因敲开日本市场大门不易，朝鲜半岛政局不稳，俄罗斯连日本、美国都不愿轻易去。所以海峡两岸的经贸关系，虽然有台当局的控制和“南向”“北上”政策的干扰，其中“南向政策”还取得不少进展，但台商对内地的投资和两岸贸易继续大幅扩大。

　  1992-1995年，经香港转口的贸易总额由74.06亿美元增加到200亿美元，年均增长19.5％；贸易顺差由51.69亿美元增加到150亿美元，年均增长23.9％。台湾对内地贸易的依存度迅速上升，其中出口高达16.1％。据台报报导，1995年，台对内地的贸易，影响其国民生产总值1.9个百分点。两岸贸易的商品结构也发生了变化。台湾出口内地仍然主要是工业原料、半制成品、机械设备及其零部件，但随台上中游关联产业到内地投资增多，其下游加工业从内地就地采购比重增加，减缓台对内地出口成长。台对内地进口，由于开放了约占台进口货物总额45％的内地半成品与成品进口，虽仍以能源及农工原料为主，但时装、钟表、一般工业用机械仪器及其零件等工业制成品，成长较大。

　  1992-1995年，累计台商投资协议总额由102.45亿美元增加到322.18亿美元，增长了2倍，大大超过前10年增长的速度。其中实际使用的已达115.64亿美元，相当于1952-1995年台经济部投审会核准的除内地地区以外的所有对外投资（核准内地地区投资金额为60.85亿美元）。

　  这个阶段台商投资已不同于1980年代。首先，中上游企业的转移，开始扮演投资内地的主角。所以投资规模增大，千万美元以上的项目已比较普遍；大企业和企业集团参与投资的增多，台100家最大企业集团中，已有约1／3在内地有投资项目，台300多家上市公司中，已有约80家投资内地。公营企业也不甘落后，已有一些企业组团到内地考察，寻求合作机会，有的已谈妥投资项目。其次，投资层次升高，越来越多的资金技术密集型项目在内地落户。资讯业是台发展最快的新兴产业，为提高国际竞争力，厂商已将电脑及其周边设备的部分生产能力转移内地，如鼠标由内地生产的部分已超过台湾。第三，投资活动由个人行动向群体合作发展，投资形式由以往单纯追求生存的产业外移，发展为以开拓内地市场为主的积极投资。如统一、味全、灿坤等公司，他们投资内地，十分重视内地内销市场，并希望以此为依托，扩大生产规模，使其能发展成为“跨国性”企业。第四，投资的区域已不限东南沿海，逐步向北向西推移。因为祖国内地内地资源丰富，又给予台商许多优惠政策。

　  此外，这个阶段两岸技术交流和合作悄然兴起，台湾十分注意收集内地的研究和技术开发成果，积极吸引内地的技术人材；内地也主动学习和引进台湾在农业、生物工程等方面的先进技术。

　  1995年以来，以李登辉访美为爆发点，两岸政治关系迅速恶化。出于政治需要，1996年8月，台当局不惜牺牲经济发展，对两岸经贸踩了急刹车，台商投资内地的一些大项目，如台塑集团的漳州电厂项目在政治高压下被迫撤销；两岸贸易增幅受多种因素的影响，1996年由上年超过20％降为2.3％。台当局还提出了“贸易从宽、投资从严”的方针及相应的一系列措施，几乎恢复到了1980年代初的状况。这种对抗市场、逆势操作的经贸策略，难以为继。不仅遭到工商界和舆论界的抨击，台“陆委会”也不能不承认此举不符合国际经济自由化的潮流。因为经过十几年的经贸交流，不但两岸相互关系不可逆转，而且双方的优势互补已进入新阶段，台湾经济在剧烈的国际竞争中，只有争得内地市场才能摆脱困境，继续有所发展。同时两岸即将加入世贸组织，国际贸易自由化的趋势不可逆转。所以，台当局不可能长期冒与工商界磨擦和经济衰退的风险，两岸经贸往来将在台当局时紧时松的控制下，继续形成新的热潮。

　  1997年香港回归后形势稳定证明中共中央提出的“一国两制”切实可行。同时中国国际地位的提高和美国明确提出对台湾实行“三不政策”，俄罗斯政府又加上“不向台湾出售先进武器”的“第四不”，都使得台湾台湾当局不得不回到顺应两岸人民加强交往和统一的要求。1998年10月14日，应海协会长汪道涵的邀请，经“陆委会”授权，海基会董事长辜振甫率团到内地参观访问。辜振甫一行受到江泽民、钱其琛的接见，并与汪道涵在上海展开协商，达成了四点共识。汪辜会谈是两会在1995年6月中断商谈以来的首次高层政治对话，是汪道涵与辜振甫在1993年新加坡会谈之后的第二次握手。在台湾民间，要求当局实行两岸“三通”和调整“戒急用忍”政策的呼声越来越高。3月份，“工总”邀请“经济部长”王志刚极其他部会主管内地政策的官员，就内地投资及内地政策与工业团体负责人进行座谈，会中出现了强烈要求两岸“三通”及对“戒急用忍”松绑的声浪。9月份，“经济部”对岛内1200家对外投资的厂商进行民意调查，结果发现71.12%的厂商已经对内地投资，50.32%的业者希望放宽对投资内地的限制。[1]

　  面对来自工商界和社会各界的压力，台湾当局从6月起开放国际贸易、营造、船务、海运、民用航空运输、证券商、期货等29个行业赴内地开设办事处；8月份又同意“贸协”赴内地设点；从10月起，将贵金属、机械用具、车辆零件等60项产品由“专案审查类”修正为“准许类”，开放130多项内地物品进口，并放宽内地专业人世访台限制。

　  1998年，台湾受金融危机的影响，对外贸易出现较大衰退，但是两岸间的贸易所受影响不大。据台湾前10个月的统计数字，两岸贸易总额为184.3亿美元，比上年同期下降5.63%；台湾对内地贸易顺差达116亿多美元，成为台湾对外贸易维持顺差的最重要来源。而据内地相应机构统计，全年两岸贸易还保持了3.3%的增长率。[2]

　  到1998年底，台湾已经成为祖国内地的第五大贸易伙伴和第二大进口市场。1979年，两岸贸易额仅为0.77亿美元，到1988年，则达到205亿美元，增加了265.2倍，年均递增率高达36.1%，这个增长速度远远高于两岸各自的对外贸易整体发展速度。到1998年，两岸贸易总额累计达到1369.1亿美元，其中内地对台湾的出口为220.5亿美元，从台湾的进口为11486亿美元。从投资方面看，截止到1998年底，祖国内地已经累计批准台资项目41422个，协议台资金额412.79亿美元，实际利用台资214.2亿美元。按照境外国家和地区在内地实际投资额排名，台湾仅次于香港，位列第二。[3]此外，两岸海上“试点直航”也进展顺利，运输量持续增长；实现了包括香港与两岸港口在内的国际定期航运业务。

　  在科技、教育、人员交流方面，1998年也取得了新的进展。同年7月“海峡两岸经济科技合作中心”与台湾“工总”共同在台湾举办“两岸科技成果交流研讨会”，科技部部长朱丽兰率90多位科技和产业届代表与会，成为祖国内地访问台湾的第一位现任部长。