这个阶段的特点是不仅间接贸易继续增长，更重要的是，出现了台商到内地投资等新的经济交往形式。1980年代中期，台湾的对外贸易、特别是对美贸易连年顺差，双边摩擦加深，台币在美国的强大压力下不断升值，而岛内劳动力成本又不断提高，降低了产品出口的竞争力；同时世界经济持续不景气，发达国家普遍加强了贸易保护，而部分发展中国家，步新兴工业化国家的后尘，也开始推行出口导向发展战略，以更为低廉的生产成本优势，角逐国际市场，使台湾商品的出口因此遇到巨大困难。另外随经济的不断发展，台湾岛内房地产价格飞涨，劳动力短缺，环保抗争日益强烈，加上金融市场混乱和社会治安恶化，移出部分传统的、已渐失竞争力的劳动密集型产业，释放出土地和劳动力，支持新兴产业的发展，实现经济转型，已势在必行，对外直接投资、特别是向东南亚地区投资已形成风潮。此时因多年来两岸人民往来和经贸关系的不断发展，要求缓和两岸关系成为台湾各阶层人民的普遍呼声，台湾的内地政策也开始松动。1987年宣布解除军事戒严，适当放宽出入境限制，允许居民赴内地探亲及两岸间接通邮，并开放了27项内地农工原料进口。祖国内地1980年代后期则改革开放日益扩大，尤其是沿海地区发展战略，把当时的对外开放推进到一个新的水平。农村经济改革释放出的大量劳动力和廉价的土地，巨大的市场潜力，相同的文化背景，以及地缘血缘关系，使内地成为最受台商欢迎的地区。于是随着探亲、旅游的台胞一批批到来，台商投资项目迅速增加，带动两岸贸易不断增长。

　  台商对祖国内地的投资，最早开始于1983年，1988年后形成第一波高潮，至1992年，投资项目由1987年底的80个增加到10245个，协议金额由1亿美元增加到89.7亿美元，分别增长了127倍和88倍。

　  台商对祖国内地的投资，基本上采取第三地转投资方式。其投资主要中转站为香港、澳门、日本、美国等国家和地区。日本、韩国及美国多为北方沿海地区的中转站；香港、澳门、新加坡、泰国等则是内地东南沿海各省主要的台资中转站，其中通过香港中转进入内地的台资占台商在内地投资的80％左右。另外，也有一部分台商直接携带资金进入内地投资，约占投资厂家的15％。

　  这个阶段台商的投资基本上是个人行为，规模都不大，多数为100万美元以下的中小型项目，投资以中短期为主，签约年限多在3-5年。因为台湾经济转型最先遇到发展困难的是中小企业，它们必然首先向外寻求生路，同时台当局主要阻止大企业外移，对中小企业较为放松。另外台商对内地投资处于试探阶段，规模自然小一些。投资的形态以独资办企业为主，在合资企业中也希望台资占较高比例。产业分布以生产性项目、特别是制造业居多，而且主要是劳动密集型的产业，因为这些产业台商具有资金、技术、设备及销售渠道等方面优势，内地则具有充沛的质优价廉的劳动力。当时纺织、制衣制鞋制伞、皮革制品、玩具、自行车、一般电子等行业都是台商投资的热门。

　  台商投资的地区，因经济特区和沿海开放城市给予外商投资很多优惠条件，福建和广东又具有地缘和亲情的优势，因而台商在这两个省的投资约占全部台商投资的2／3。其它项目则分布在上海、北京、天津、大连、山东等沿海省市。1980年代祖国内地在对外开放中鼓励出口外销，台商投资内地的行业又多数为台湾传统出口加工业，加上当时内地原材料、零配件的质量、规格等一时难于适合台资企业的需要，因此这个阶段在内地的台资企业，原材料、机器设备和销售市场绝大部分是“两头在外”，台商带来订单，把产品销往世界各地，原料、零部件和机器设备则有相当一部分来自台湾，另外资金的融通，也主要依靠台湾，所以这些企业实际是台湾出口加工企业生产线的转移。

　  由于台商投资内地形成热潮，台湾当局顾虑重重，害怕岛内产业空洞化。但事实证明，台商对内地的投资，大大增加了对岛内原材料和机器设备的需求，促进了中上游工业的发展，也带动了台湾商品出口的大幅增加。1992年海峡两岸由香港转口的间接贸易额由1987年的15.154亿美元上升到74.069亿美元，增加了将近４倍，主要是台商投资带动的。如1991年台湾输往内地的商品中，居首位的是合成纤维布，其次分别为聚氯乙烯板、自行车及机车零配件等，大多为满足台资企业加工的需要。1980年代后期台湾对美贸易的下降及出超的减少，主要依靠海峡两岸贸易的扩大来弥补。1991年台湾对香港（包括内地）的贸易顺差达104.36亿美元，成为台湾第一大出超地区。另外，大量传统中小企业从岛内迁出，为台湾产业升级腾出了空间；对外投资绝大多数短期内就能获利，所得收益，回馈岛内支持新兴产业的成长。这些都对台湾经济转型有所推动，而不是引起岛内产业空洞化。