1971年9月13日，身为中共中央副主席、军委副主席的林彪，在妄图谋害毛泽东、另立中央的阴谋败露后，从山海关机场仓皇爬上256号三叉戟飞机，叛逃国外。周恩来得知这一意外事件，立即通知叶剑英到人大会堂，并指定他处理林彪善后问题及战备事项。当晚，叶剑英转移到玉泉山待命，随时准备应付可能出现的突然事变。十四日，中华人民共和国驻蒙古人民共和国大使馆传回消息，证实林彪叛逃途中机毁身亡。叶剑英愤然提笔，写下一首《斥林彪》诗：
　　铁鸟南飞叛未成，庐山终古显威灵。
　　仓皇北窜埋沙碛，地下应惭汉李陵。①（①《远望集》，人民文学出版社1979年8月版，第63页。）
　　一、受命于危难之际 
　　林彪自我爆炸以后，他的党羽、原军委办事组负责人黄永胜、吴法宪、李作鹏和邱会作十分惶恐。他们手忙脚乱，千方百计销毁自己参与林彪篡党夺权活动的罪证，拒不交代问题。9月24日，中共中央命令黄、吴、李、邱4人离职反省。与此同时，中央决定由军委副主席叶剑英主持军委日常工作。10月3日，中共中央又作出决定，撤销军委办事组，成立由叶剑英主持的军委办公会议，成员有叶剑英、李先念、李德生、谢富治、张春桥、纪登奎、汪东兴、陈士榘、张才千、刘贤权。军委办公会议在中央军委领导下，负责处理军委日常工作。
　　叶剑英受命于危难之际，深感责任重大。10月4日，他给毛泽东写信，报告军委直属单位、军兵种和院校传达中共中央关于林彪叛党叛国事件通知的情况和军委工作的一些设想。他在信中写道：
　　“林彪及其妻、子叛变，黄、吴、李、邱附逆，以为勾结几个死党，掌握几架飞机，散布几句谣言，制造几桩借口，就可以施展阴谋，篡党篡国，结果作恶自毙，余孽落网，从反面促使全党提高觉悟，提高警惕，增强团结，增强战斗力，这证明坏事做到头可以变成好事。”
　　“军队各大单位在常委会上传达时，讲到林彪谋叛三阶段(谋害主席、广东割据、北窜投敌)，同志们初听惊奇，再听愤怒，最后听到林彪机毁人亡，一种沉重心情又爽然消失，转为快慰，发人深省。”“在军委直属各兵种首长会议上，曾把林彪给黄永胜的亲笔信(照片)给大家传视一遍，又选了三篇交代材料给大家念了一遍，这种铁证如山，完全粉碎了可能在少数人身上出现的半信半疑的精神状态，收到全功。”

　　叶剑英在信中认为，对林彪叛党叛国罪行，中央规定有计划有步骤地传达，这是对的。但是，从传达的效果来看，快比慢好，显比隐好，应当加快步伐，尽快传达到基层。这样似台风过后，万里无云，做到思想上充实提高，组织上调整巩固。
　　叶剑英在信中汇报了军委下一步工作安排，然后向毛泽东表示：“这次主席令我主持军委日常工作，我十分感戴主席的信任，但又十分害怕工作做不好，误了大事。”因此，他一方面表示自己要“努力学习，努力工作”，另一方面，也希望毛泽东、周恩来及政治局各同志能经常对军委工作作出指示，提出意见，以便使工作少出差错。最后，他请求毛泽东“有时间请赐一见，得到指示，以利工作”。①（①叶剑英致毛泽东的信，1972年10月4日。）
　　毛泽东收到叶剑英的信，当天即召集叶剑英和军委办公会议的成员谈话，就军委的工作作了重要指示。他指出，林彪搞了十几年，军队的问题不少。“四好”运动搞了很多形式的东西，军事训练也有形式主义，部队的作风也搞坏了。要好好整顿我们的军队，肃清林彪的影响。军队要严格训练，严格要求，才能打仗。
　　为了贯彻中共中央、毛泽东主席关于整顿军队的指示，叶剑英确定，首先集中力量抓好军队系统从上到下关于林彪事件的传达，揭批、清理与林彪事件有牵连的人和事，纯洁各级组织，统一全军指战员的思想。他深入总部和一些大军区机关，亲自抓传达工作，宣讲中央文件精神。1971年10月7日，叶剑英出席总参谋部处以上党员干部大会，并作了重要讲话。他除了对中央文件上所揭露的问题进行具体解释以外，还揭露了林彪在历史上反对毛泽东和中央正确路线的一些重大错误，使大家对林彪的历史有了更进一步的了解。他特别强调，在批林斗争中要注意政策，注意区别和处理两类不同性质的矛盾。他充分肯定总参党委关于“分清两个关系”的提法，即分清楚正常的工作关系和非正常的宗派关系。对于正常的工作关系，不应予以追究。对于搞宗派的人，参与了林彪集团阴谋活动的人，就要注意清查。即使是宗派关系，也要进行分析。他强调指出：打击面不要过大，要少抓人，更要保留活的证据，活的材料。要抓敌我矛盾，不要把斗争方向搞偏了，否则，会犯新的错误。叶剑英的这个讲话，指明了军队系统批林斗争的政策和方向，使人们进一步加深了对林彪反革命集团罪行的认识，解除了一些人心中的疑虑，对全军批林斗争的健康发展，起到了重要的指导作用。以后，叶剑英又对全军的批林整风问题，作了多次重要指示和讲话，推动批林整风工作不断深入发展。
　　二、筹备军委扩大会议