摘要：政策文献是政策主体行动目标的表达形式，以1984-2015年期间中央政府机构颁布的293件科研院所改革政策文献为样本，根据文本数量峰值分布并结合国家五年计划实施，将改革历程划分为四个阶段。描述政策主体结构，发文数量统计显示科技部、财政部、国家税务总局之间合作密切，形成推动该项改革的轴心。测量政策主体发文合作网络，根据网络结构阶段变化明晰改革的推动受经济逻辑主导，在行政体制架构内自上而下推动。1984-2002年期间改革旨在实现组织再造以转变科研院所组织属性，但受制于行政体制改革相对滞后，该项改革停滞。运用诺斯制度变迁理论分析，发现科研院所与行政管理体制条块的共生关系已经被打破，但与行政管理体制间的共生关系尚存。科研院所、政府以及市场三者间的关系被调整重构以期以科研院所替代政府部分科技资源配置作用，随之引起市场机会集合变化。藉此提出深化科研院所改革需强化经济逻辑与行政体制改革的适配性。