从中共中央七届二中全会（１９４９年３月）以后，尤其是新中国成立以后，在一年的时间内，合作社有了很大发展。１９４９年１１月１日，中央政府成立了合作事业管理局，内设置消费、农业、手工业、信用、水利、教育指导组，主管全国合作事业；在地方，东北华北两个大行政区成立了合作总社，华东、西北成立了合作事业管理局，还有１５个省、８个行署、７９个专区、８１５个县（市）成立了联社，分别占行政区建制的４０％以上，合作社主要集中在东北、华北、华东这些解放较早或经济发达地区，其中东北９５.４％的县（市）建立了联社，华北９４.６％的县（市）建立了联社，华东５５％的县（市）建立了联社。全国合作社社员达２０００万人，干部１２万，资金折粗粮约８亿斤，１９５０年第一季度购销总额为３５亿斤小米。合作社经济已经成为国民经济中的一个重要成份，尤其是商业流通领域中的一支重要力量。

　  合作社在迅速发展过程中，也存在着不少问题，主要表现为：（１）不少合作社实际上是“官办”的，资金完全或大部分是国家出，干部是国家派，听国家贸易公司指令办事，没有固定的社员，不做合作社的业务，实际上成为国家的零售和收购网点。（２）有许多机关生产挂上合作社招牌，其目的只是赚钱补贴机关，没有社员。（３）有些合作社则像合股商店，以赢利为目的，不是以为社员服务为目的，股金虽然是群众凑集的，但无固定的营业服务对象，经常到外面去经营。（４）有些合作社是少数人为利用这块招牌赚钱而成立的，不仅不从事合作业务，而且经营活动多系投机倒把、买空卖空等违法活动。这些现象都使合作社背离了前述党和政府的要求。

　  鉴于上述问题和合作社在国民经济中的重要作用，党和政府决定加强对合作社的管理，并着手进行整顿。

　  １９５０年７月，中央合作事业管理局领导召开了中华全国合作社工作者第一届代表会议，会议通过了由薄一波起草经刘少奇修改的《中华人民共和国合作社法（草案）》，成立了全国合作社联合总社。

　  为了使合作社工作走上正轨，会议讨论了合作社的民主管理制度和经营原则，认为合作社应该是一个独立的有统一组织系统的群众经济组织，但是它应根据国家的经济计划，执行政府的一定的经济任务；提出了“上级社为下级社服务，基层社为社员服务”的方针和独立经营、自负盈亏、下级社服从上级社领导的原则。会议还讨论了国家用优待政策帮助合作社走上正轨的具体措施，并且提出对全国的合作社进行一次普遍的整顿，重新登记，凡不符合标准的合作社不予登记，以免他们享受合作社的优惠待遇。

　  在这次会议上，刘少奇提出：目前主要应办农村供销社、城市消费社和城乡手工业生产合作社，其他合作社，如农、林、茶、渔业合作社，根据特殊需要和可能，都可以办。信用社、运输社很难单独办好，如果交给供销社来办，规模大些，容易办好。刘少奇认为合作社既不同于私人资本主义经济，又不同于社会主义经济，把合作社办成国家商店是“左了”，办得像私人商店是右了。既不要“左”也不要右。刘少奇还说，国营经济虽属于领导地位，但是从整个国民经济来说还是很小的，因为合作社能组织起占比重９０％的生产者，是有决定意义的。如果没有合作社，９０％的小生产者就要与资本主义结合，因此，合作社办好走上正轨，是我国走向社会主义的关键。可见党和政府对合作社的重视程度。

　  会议以后，各地合作事业管理部门及各级联社，开始以《中华人民共和国合作社法（草案）》为标准，对基层合作社进行了整顿和重新登记工作。整顿合作社工作的重点是贯彻执行“上级社为下级社服务，基层社为社员服务”的业务方针。在整顿业务的同时，对合作社干部的思想作风也进行了一次整顿，批判了单纯赢利的思想。

　  合作社经过整顿后，前一阶段为大力发展供销社而采取的以行政村为中心建立起来的基层社，就暴露出“四少一多”问题，即社员少、资金少、业务少、满足社员需要少，干部多，从而造成开支大，甚至亏损，不能合理经营。针对这个问题，１９５１年４月，全国合作总社向中央提出乡村以集镇为单位建社和城市灵活建立消费社的建议，中央同意了这个建议。于是１９５１年下半年合作社又普遍进行了组织整顿。农村实行了以集镇为中心建社后，供销社的组织与集镇这个初级市场结合起来，合作社在满足社员需要、完成国家任务、与私商竞争等方面，都发挥了很大作用。农村供销社经过组织调整，虽然基层社的数量减少了，但社员人数和股金都比调整前有较大幅度的增加，改变了“四少一多”现象。城市消费合作社的调整，主要是改变过去单纯按单位建社的办法，因为按单位建社，经常因为社员住地分散，购物不方便，或者一个地区有好几家单位的合作社，造成干部和设备的浪费。调整的原则是建社不受单位约束，职工居住集中的大单位，可仍按单位建社，否则按地区建社为宜。城市消费合作社经过改组合并后，数量比过去减少，但社员、股金和业务都有所增加，并且方便了上级社的管理。

　  为了保证合作社的规范化和组织系统化，１９５１年１０月中央还制定了合作社登记办法（草案），规定凡不合格的合作社（包括没有加入联社，即无上级社的），均不予登记；合作社的成立、改组、解散都必须到政府主管部门按一定程序登记，加强了政府和各级联社对基层社的管理控制。