有了模型体系，就可以上计算机运算了。这一步的实质就是借助计算机作系统仿真，它相当于在实验室内对系统做实验研究，对系统的动态特性和未来行为进行预测。模型的设计及其计算过程是一种严密的数理推理，是反映人的逻辑思维的。当我们得出了精确计算结果，人的认识就豁然明确了，原来那种初步的、模糊不清的整体概念也因为有了各部分之间的量化关系而变得清晰了。这就使人的认识上升到一个更高的层次，即理性认识，也就是从“定性”达到了“定量”。所以钱老说，形象思维是宏观的，逻辑思维是微观的，一旦人们将宏观与微观相结合，即形象思维和逻辑思维相结合，就会产生创新思维。从思维科学上讲，综合集成方法就是将人的形象思维和逻辑思维结合起来，将人的智慧和计算机的运算能力结合起来，实现钱老所说的“人机结合”，优势互补。由此使人的认识借助计算机的数值计算在理论上得到升华，创新我们的思维成果。

　　钱老自己在评价他这个科学方法时曾说，其实我们的贡献也不大。我们只不过是用现代科学技术方法和现代数学及计算手段来具体实践毛泽东同志所说的从感性认识到理性认识。而且，在具体操作综合集成方法时，还要运用《矛盾论》的思想，准确抓住一个复杂问题的主要矛盾，舍弃次要矛盾，将问题加以简化，才可以用数学方法进行描述，上计算机计算，使理性认识更精确化、更科学化一些。

　　毛泽东同志在《实践论》中说，从感性认识上升到理性认识并不是一次完成的。以钱学森、于景元、戴汝为三人署名的论文《一个科学新领域——开放的复杂巨系统及其方法论》中指出，从定性到定量的综合集成过程也要反复多次。这个反复主要是由专家群体对计算机运算的结果进行评价。如果专家依据多年的、可靠的实践经验(钱老认为，这个可靠的经验一定是有科学道理的，只不过现在还没有提炼成理论)判断，认为计算机运算结果在哪个方面不合适，说明我们设计的数学模型还没有完全反映客观实际，或者没有抓准实际问题中的主要矛盾。系统工程专家要回头修改数学模型和调整参数，再运算，最终计算的结果要令专家们满意为止。这就在实际操作从定性到定量的运算过程中加入了经验成分。这是不得已而为之的，因为现代科学的理论知识还不能完全解决这种复杂社会系统问题。

　　对此，钱老曾经有过一段精辟论述。他说：“当人们寻求用定量方法处理复杂行为系统时，容易注重数学模型的逻辑处理，这样的数学模型看起来‘理论性’很强，其实不免牵强附会，脱离实际。与其如此，倒不如从建模一开始就老老实实承认理论的不足，而求助于经验判断，让定性的方法与定量的方法结合起来，最后定量”。

　　对于这段论述，全国政协原副主席、时任上海市市长的徐匡迪院士曾这样评价：钱老“对复杂行为系统建模的‘点’‘拨’，真是发人深省，对我来说真有醍醐灌顶、茅塞顿开之感”。他举例说，自己在1991年主持上海市综合经济工作期间，为实现科学管理，曾力图建立上海“投入产出模型”、“物资供求与价格模型”以及“生产要素与经济增长的相关模型”。但由于过分追求数学模型的逻辑处理，而忽视了社会系统中的其他不稳定因素，所建模型与实际情况的相关性甚低（≤0.70）。以后了解了过去六个五年计划执行中出现过的非经济因素（政治运动、行政干预、意识形态波动等），加以综合判断，剔除某些项目及年、月后，即钱老所说“求助于经验判断，让定性的方法与定量的方法结合起来，最后定量”，模型的相关性就提升到0.9以上，就符合复杂系统的实际了。以后，上海市的人口预测、中小学生规模预测、外来劳动力需求总量预测等，大都采用了钱老所说的方法，取得了较满意的结果。