新中国成立之初,同为中央局书记的邓小平、薄一波先后调到中央,工作上的联系很多。
　　1952年下半年，由中财委主持制定的新税制颁布执行，立即在社会上引起强烈的反响和波动。1953年夏季，在全国财经工作会议上，薄一波受到严厉的批判。他还没来得及从前一阶段紧张繁忙的工作中休整过来，喘一口气，就要仓促面对人生中的又一段风雨，而且浪头的来势还异常凶猛。
　　一直窥测风向的高岗、饶漱石借机发难，大搞"批薄射刘"，使会议偏离方向，与毛泽东的原意大相径庭。会上批判的调子一直居高不下。薄一波也渐渐明白，醉翁之意不在酒，高、饶不仅仅攻击他，而是要进而拱掉刘少奇、周恩来。为了不使事态扩大，他决定来个"徐庶进曹营，一言不发"。当会议要他作第三次检讨时，他一口拒绝。周恩来把薄一波的态度报告毛泽东，毛泽东说：薄一波同志可以不检讨了。此时，毛泽东对高、饶篡党夺权的野心也有所察觉。
　　会议收不了场，令周恩来很为难。他是会议主持人，话说轻了，会上已经是那种气氛了，不大好通过，且有开脱、包庇之嫌；话说重了，就会为高、饶利用。最后，还是毛泽东出了个主意，他说：不好结论，可以“搬兵”嘛！，把陈云同志、小平同志请回来，让他们参加会议嘛！
　　邓小平回北京后，在一次会议上发了言。他说：“大家批评薄一波的错误，我赞成。每个人都会犯错误，我自己就有不少错误，在座的其他同志也不能说没有错误。薄一波同志的错误是很多的，可能不是一斤两斤，而是一吨两吨。但是，他犯的错误再多，也不能说成是路线错误。把他这几年在工作中的这样那样过错说成是路线错误是不对的，我不赞成。”
　　邓小平实实在在、诚恳负责的发言，既体现出对工作高度的责任心，又饱含对同志的关心爱护之情。他的发言一字千钧，使与会者逐渐摆脱了高、饶的干扰，对问题有了自己较为客观的认识和看法。
　　不久，高、饶东窗事发，财经会议的风波真相大白。毛泽东也意识到对薄一波的批评过了头。
　　1954年6月3日，毛泽东通知薄一波等人参加书记处的一次会议。薄一进门，还没坐下，毛泽东就说：财经会议及其以后相当长的时间，我们对一波同志是有些误会的，现在这些误会解除了。路遥知马力，日久见人心。一波同志是个好同志。停了片刻，他又说：如果高、饶问题没有揭露，这些误会可能难以解除。
　　这次谈话以后，薄一波感到无比的轻松。因为他知道，他的问题完全解决了。
　　1953年财经会议后，邓小平接替了薄一波的财政部长的职务。同时，留任中财委副主任的薄一波，又协助作为副总理的邓小平领导铁道部、交通部和邮电部的工作，薄一波又一次成为邓小平的助手。
　　60年代初期，为了克服“大跃进”造成的困难，全党大兴调查研究之风，对国民经济实行“八字方针”，并制定了一系列行之有效的各方面的工作条例，其中，薄一波受命主持起草《工业企业工作条例》，就得到邓小平的大力支持。面对“空头政治”等“左”的思潮，薄一波提出“政治挂帅要落脚到发展生产力”的观点，得到邓小平高度的肯定。
　　在探索中国特色社会主义建设道路的过程中，薄一波和邓小平思路相同，感情相通。
　　回顾这段历史，薄一波感慨万分，他说：小平同志后来担任党的中央委员会总书记，我的许多工作是在他的直接领导下进行的。由我具体负责制定的《工业七十条》，就是如此。小平同志后来告诉我，毛主席直到逝世前，身边还放着《工业七十条》。

　  1978年底，在批判“两个凡是”的基础上，中共中央作出决定，为薄一波等六十一人所谓叛徒集团案平反。1979年1月，薄一波从12年的冤案中走出来,是邓小平首先同他谈话,征求其对工作安排的意见。薄一波被任命为国务院副总理兼机械工业委员会主任,邓小平要求薄当机械工业的“秦始皇”,期望他在改革上作出成绩来。