第二阶段，十六届五中全会后至十七大之前，对“建设创新型国家”理论进行系统阐发、战略上进行整体部署的阶段。五中全会闭幕后的一周内，神舟六号载人飞船成功发射并圆满完成各项任务。2005年11月26日，中共中央、国务院和中央军委举行大会，隆重庆祝神舟六号载人航天飞行圆满成功。这是从科技工作方面贯彻五中全会精神的大会。胡锦涛在大会上讲话指出：“发展必须依靠科技进步和创新”，“我们必须把建设创新型国家作为面向未来的重大战略，紧紧扭住经济建设这个中心任务，瞄准世界科技发展前沿，明确自主创新的战略目标，加快国家创新体系建设”。（《十六大以来重要文献选编》（下），中央文献出版社2008年版，第62页。）三天后在北京召开的中央经济工作会议是贯彻五中全会精神，部署2006年经济工作的一次会议。会议规定2006年经济工作的主要任务之一，是全面增强自主创新能力，不断推进产业结构调整。胡锦涛在会上指出：“党的十六届五中全会提出，要把增强自主创新能力作为科学技术发展的战略基点和调整产业结构、转变增长方式的中心环节。这是综合分析国际形势和国内发展阶段提出的重大指导方针。”胡锦涛在中央经济工作会议上的讲话，2005年11月29日。2005年底，国务院发布《规划纲要》。2006年新年伊始，党中央、国务院召开全国科学技术大会，部署实施《规划纲要》。1月9日上午，胡锦涛在大会上对“建设创新型国家”理论进行了系统阐发；1月26日，中共中央、国务院作出《关于实施科技规划纲要增强自主创新能力的决定》，提出努力建设创新型国家；坚持自主创新，全面提升国家竞争力；创新体制机制，走中国特色自主创新道路；制定配套政策，激励自主创新；动员全党全社会力量，为建设创新型国家而奋斗。《规划纲要》发布后，中央政治局三次集体学习与建设创新型国家相关的内容。这些学习进一步深化了中央决策层对实施建设创新型国家战略部署的认识。

　　第三阶段，十七大之后，“建设创新型国家”理论和实践的发展阶段。2007年10月，党的十七大提出实现全面建设小康社会奋斗目标的新要求之一，是“转变发展方式取得重大进展”，“自主创新能力显著提高，科技进步对经济增长的贡献率大幅上升，进入创新型国家行列”。十七大在提出转变经济发展方式时，把提高自主创新能力、建设创新型国家作为转变经济发展方式的首要途径，看成“国家发展战略的核心”、“提高综合国力的关键”。（《十七大以来重要文献选编》（上），中央文献出版社2009年版，第15、17页。）这是十七大对“建设创新型国家”理论的重大发展。2007年11月中旬，胡锦涛到内蒙古考察工作，强调“转变经济发展方式，关键在自主创新”（胡锦涛在内蒙古考察工作结束时的讲话，2007年11月19日。）。12月初，中央经济工作会议的主题是，贯彻十七大精神，加快转变经济发展方式，走中国特色新型工业化道路。胡锦涛在会上讲话指出：“要通过奋力创新，为转变经济发展方式、推动产业结构优化升级提供有力和持久的技术支撑，加快从工业大国向工业强国转变的历史进程。”（《十七大以来重要文献选编》（上），第77—78页。）第十七届中央政治局前六次集体学习，就有三次与加紧建设创新型国家、转变经济发展方式密切相关。2008年9月中旬，美国“次贷危机”发展为国际金融危机，加剧了对我国经济的影响。此后，党中央采取保增长、扩内需、调结构等措施应对国际金融危机时，始终把提高自主创新能力、转变经济发展方式作为关键路径。2010年2月上旬，中央举办省部级主要领导干部专题研讨班，深入研究后国际金融危机时期我国加快经济发展方式转变的思路和举措。胡锦涛在研讨班上提出了包括加快推进自主创新在内的八点意见。6月7日，胡锦涛在中国科学院第十五次院士大会、中国工程院第十次院士大会上讲话时强调：“建设创新型国家，加快转变经济发展方式，赢得发展先机和主动权，最根本的是要靠科技的力量，最关键的是要大幅提高自主创新能力。”（《人民日报》2010年6月8日。）国际金融危机以来，我国能率先实现经济回升向好，与党中央借国际金融危机的“倒逼机制”推动创新转型，各地各行业以自主创新应对危机冲击密不可分。