考虑到中科院的实际情况，1954年3月8日，中共中央对中科院党组的报告作了批示，确定“科学院是全国科学研究的中心”，并且指出中科院“除了应以主要力量组织本院的科学研究工作外，还必须密切联系全国科学工作者，协助各方面的科学研究工作”［9］（p.166），这就使中科院的职责有所发展，也与中央研究院的纯学术研究有所区别。中央在批示中还初步设想建立由政府通过计划进行宏观管理的新型科技体制，提出国家计委“应负责审查科学院、生产部门及高等学校的科学研究的计划，以便解决科学研究和生产实践相结合的问题以及各方面在科学研究工作中分工与配合问题”　 ［9］（p.167） 。
　　1954年底，国家机构进行了大规模调整。中科院不再作为国务院下属的行政部门，但是国家计委却没有承担起科技管理的职责。按理说，中科院不再是政府机构之后，理应有另一个部门取代它，行使主管国家科学事业的行政职能，但是在新的国务院机构组成中，“对此却暂时留下了一个耐人寻味的空白”［1］（p.3）。这其中究竟是政府没有授权，还是国家计委不愿承担，目前尚无史料说明。中科院院长郭沫若曾于1955年4月建议在计委下设立“科学研究工作计划局”，作为经常性管理科学计划的专业机构，却遭到拒绝。 ② 当时的计委主任李富春认为，领导科学技术工作和搞科学技术规划，靠国家计委这样的行政部门是很难办好的，必须组织全国科学家共同进行，而国家计委难以完成任务。［10］由此看来，计委对于是否接手科技管理工作还是颇感踌躇的。
　　总的来看，正如薛攀皋所认为的:“国家在科学事业的组织领导管理体制问题上，考虑还不成熟，举棋不定。”［1］（p.4）新中国科技管理体制的发展出现了停顿，1954～1958年间没有对科技进行全面管理的部门。在这期间，有两个科技管理机构先后成立，一个是负责技术方面的国家技术委员会，另一个是负责《1956～1967年科学技术发展远景规划》（以下简称十二年规划）的科学规划委员会。两个委员会并立，出现了科学规划与技术分别管理的局面，薛攀皋认为，这种方式“并不有利于科学技术事业的发展”。［1］（p.7）
　　1956年5月，在国务院第28次全体会议上决定增设国家技术委员会。该委员会主要负责掌管技术的鉴定、采用和推广;组织新产品的试制;统一管理技术标准和审批新工厂的工艺规程;开展国际间的技术交流和技术合作，并且通过各项技术改造工作，将我国的工业技术水平较快地提高起来。［11］由黄敬任主任，韩光、刘西尧、张有萱任副主任。不过，国家技术委员会大多数时间只起到了咨询的作用;另外，由于偏重与技术相关的方面，该委员会管理的主要是与工业、交通等有关的技术工作，其职权范围大都被后来设立的科学规划委员会所覆盖。

　  科学规划委员会经历了一个从临时性的工作组到政府常设机构的转变过程。
　　1956年1月14日，周恩来代表中共中央在知识分子问题会议上宣布国家即将制订十二年规划。为了组织领导规划的制定，3月14日，国务院正式成立了科学规划委员会。从3月起，科学规划委员会集中全国600多位科学家，于8月下旬完成了十二年规划的编制任务。
　　规划编制完成以后，科学规划委员会的存废问题就提到日程上来。十二年规划从13个方面提出了57项重要科学技术任务、616个中心问题，其中又提出了12个重点任务。这12个重点任务都是对我国生产技术基础有根本性影响的重大科学问题。全国规模的科学规划在执行时又分为几个系统，即中科院、高等学校、产业部门，另外还有原子能委员会和航空工业委员会。因此，对这几个系统实施规划的情况应该有一个经常性的监督机构。怎样使这几个系统明确分工、密切合作、协调地执行规划，是一个很重要很复杂的问题。在8月下旬的讨论中，出席会议的科学家和大多数有关单位的负责干部主张设立一个高级的协调机构，但是国家计委、国家经济委员会、国家技术委员会、中科院等单位都不合适。因为计委只能最后综合平衡科学研究的长期计划，不能负责年度计划和协调等繁重任务;国家经济委员会只能最后综合平衡科学研究的年度计划，不能管长期计划，也很难处理科学研究中的许多协调计划工作;国家技术委员会的任务主要是技术政策和技术改革等，由它把所有的科学研究工作都管起来也不恰当;鉴于以前对中科院授权所产生的问题，由科学院承担关于十二年规划的行政任务也有不妥。最后，与会人员大都认为，把科学规划委员会保留下来担负上述任务，是一个比较妥当的　办法。［12］
　　政府采纳了这一建议，确定科学规划委员会为常设机构。1957年5月10日，国务院第48次全体会议批准聂荣臻担任科学规划委员会主任，郭沫若、林枫、李四光、黄敬为副主任。国务院对科学规划委员会提出了7个方面的任务:（1）负责监督十二年规划的实施，特别是重点任务的实施;（2）负责汇总平衡全国科学研究工作的长期计划和年度计划，成为国家计划的一部分;（3）负责各系统间重要的协调工作;（4）管理国家重点研究任务的科学基金;（5）负责制定和实施高级专家的安排、培养、分配和使用的计划;（6）负责研究和组织解决科学研究工作的条件问题（如图书资料、情报、仪器、化学试剂等）;（7）统一安排科学技术方面的国际合作。科学规划委员会对中科院、国家技术委员会、高等教育部（简称“高教　部”）、第三机械工业部、国防部（包括航空工业委员会和其他部门）、农业部和卫生部，实行统一归口管理。同时，指导地方科学工作委员会的工作。［2］（p.21）
　　科学规划委员会是为了执行十二年规划而专设的机构，其职权也是围绕规划展开的。由于十二年规划的全局性和复杂性，所以科学规划委员会的职责就不能过于狭窄，因此，除了第一条、第四条是专为十二年规划设立的，其他都属于从宏观上进行科技管理。科学规划委员会实际上已经开始承担起领导和组织协调全国科学研究的职责。按照一位学者的说法，科学规划委员会所担负的责任，“已经注定它将要成为一个统管中国科学技术发展的全局的最高权力机构”。［3］（p.37）